Di Kota Sibolga terdapat kantor-kantor Instansi Pemerintahan yang menunjang kelancaran pemerintahan di Kota Sibolga, umumnya disebut Satuan Kerja Perangkat Daerah.
Untuk Kota Sibolga sendiri memiliki SKPD antara lain :
1. Gedung Walikota Sibolga yang terdiri dari :
a. Ruang Walikota Sibolga
b. Ruang Wakil Walikota Sibolga
c. Ruang Sekretaris Daerah Kota Sibolga
d. Ruang Asisten Walikota Sibolga
e. Ruang Staf Ahli Walikota Sibolga
f. Kepala Bagian
g. Kantor Satuan Polisi Pamong Praja Kota Sibolga
h. Kantor BAPPEDA Kota Sibolga.
2. SKPD berupa Badan yaitu :
a. Badan Kepegawaian Pendidikan dan Pelatihan Kota Sibolga
b. Badan KB dan Pemberdayaan Perempuan Kota Sibolga
3. SKPD berupa Dinas yaitu
a. Dinas Pendidikan Kota Sibolga
b.Dinas Perindagkop dan UKM Kota Sibolga
c. Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika Kota Sibolga
d. Dinas KPRP Kota Sibolga
e. Dinas PKAD Kota Sibolga
f. Dinas Kebudayaan Pariwisata Pemuda dan Olahraga
4. SKPD berupa Kantor yaitu :
a. Kantor Lingkungan Hidup
b. Kantor Perpustakaan dan Arsip Daerah
c. Kantor KPPT
5. Kantor Camat
6. Kantor Lurah